Союз музеев России опубликовал доклад, в котором говорится, что Исаакиевский собор не принадлежал РПЦ при императорах и передавать его духовенству не собирались. Несмотря на то, что Исаакий является ровесником города на Неве, РПЦ потребовала у властей передать его в своё ведение только в XIX веке. Тогда собор находился в ведении Министерства путей сообщения и публичных зданий, и по указу императора Александра II была создана специальная комиссия, которая рассмотрела притязания церкви и вынесла вердикт не в её пользу.
«Комиссия отклонила полную передачу здания в безраздельное управление духовного ведомства, так как при Исаакиевском соборе постоянно приходилось проводить сложные работы как в техническом, так и в художественном отношениях», — говорится в докладе музейщиков.
«Михаил Тимофеевич Преображенский, известный архитектор, член Общего присутствия хозяйственного управления Святейшего правительствующего синода, которому было доверено строить православные храмы не только в России, но и за её пределами, объяснял особое положение Исаакиевского собора тем, что он „требует к себе не только тщательного внимания со стороны специалистов и крупных расходов, но и особых забот правительства“», — отмечают специалисты. Союз музеев России также вспомнил, что Преображенский называет Исаакиевский собор крупным памятником государственного достояния, на строительство которого из казны были потрачены баснословные средства, в том числе и поэтому он считал, что собор должен находиться в ведении правительства.
С 1948 года здание функционирует как музей «Исаакиевский собор». В 1963 году завершилась послевоенная реставрация собора. Музей атеизма перенесли в Казанский собор, а маятник Фуко сняли, так что с тех пор Исаакий работает исключительно как музей. C 1990 года в нём восстановлены православные богослужения, которые сейчас проводятся ежедневно.
10 января губернатор Петербурга Георгий Полтавченко официально объявил о том, что до конца 2017-го Исаакиевский собор передадут на 49 лет в пользование церкви. Это заявление вызвало широкий резонанс среди жителей города на Неве.