Наряду с другими крупнейшими востоковедами Николай Константинович входил в научную комиссию, которая в начале XX века руководила строительством храма, а также принял участие в его оформлении. Он создал серию витражей, на которых изобразил восемь благих буддийских символов.
После революции храм функционировал до 1935 года, потом его закрыли, а здание передали ленинградским физкультурникам. Во время Великой Отечественной войны в нём находилась военная радиостанция, потом здесь располагались лаборатории Зоологического института. За годы советского периода часть внутреннего убранства дацана была утрачена и теперь в рамках реставрационных работ восстанавливается.
Масштабную реставрацию начали в 2010 году. К столетию дацана, в 2015 году, специалисты отреставрировали фасад здания, а в 2016-м стартовал первый этап реставрации интерьеров, в том числе конструкций и остекления светового фонаря и витражей, выполненных по эскизам знаменитого художника.