Смерч над балтийскими водами засняли в воскресенье, 15 сентября, около 19 часов. В этот день в Петербурге шёл дождь, сопровождаемый резкими порывами ветра. Из-за угрозы наводнения в МЧС приняли решение закрыть створки дамбы. В открытое положение их вернули только в 00:38.
Одной из причин образования смерча считается соприкосновение тёплого влажного воздуха с холодным сухим. Вероятно, на возникновение вихря повлияло аномально тёплое начало сентября — в один из дней жара в Петербурге едва не побила температурный рекорд 1883 года.