Музей занимает два этажа. В состав музея входят: литературная экспозиция, собственно квартира писателя на втором этаже и театральный зал, где ставят спектакли по произведениям Ф. М. Достоевского, Ибсена, Гоголя и других авторов, проводят концерты и временные выставки. Интерьер квартиры восстанавливался при помощи и поддержке потомков писателя. Музей Достоевского считается одним из самых популярных литературных адресов Петербурга, уступая разве что только пушкинскому зданию на Мойке.